Sluitstuk | Slim sampelen voor een snelle DNA-analyse

Sluitstuk | Slim sampelen voor een snelle DNA-analyse

22 januari 2015

Bij verdenking van een erfelijke ziekte worden de genen die daarbij betrokken zijn uitvoerig gecontroleerd. Dankzij nieuwe technieken kan dat steeds sneller, zodat je als patiënt minder lang op de uitslag hoeft te wachten. Werktuigbouwkundestudent Stijn Bertens helpt in het Nijmeegse Radboud UMC mee om hun nieuw DNA Analyse Lijn zo efficiënt mogelijk in te zetten.

“Als je het over DNA en een laboratorium hebt, denken mensen meteen aan CSI. Maar waar we hier in het Radboud UMC mee bezig zijn, heeft niets met politieonderzoek te maken. Bij de afdeling Genoom Diagnostiek bekijken we het DNA van mensen die mogelijk een erfelijke aandoening hebben”, vertelt Stijn Bertens, masterstudent Manufacturing Networks aan de faculteit Werktuigbouwkunde. “Recent is er een nieuwe DNA Analyse Lijn aangeschaft. Best bizar, sta je daar ineens tussen machines die zo’n twee, drie ton per stuk kosten. Het is mooi om ze aan het werk te zien. Een apparaat dat seriematig tot een microliter nauwkeurig kan pipetteren, dat vind ik toch best vernuftig.” 

Tot voor kort waren er voor elke patiënt zo’n twintig samples nodig om een diagnose te kunnen stellen. Met de DNA Analyse Lijn is er nu nog slechts één patiëntsample nodig, en kan er in het apparaat materiaal van vierhonderd patiënten gelijktijdig geanalyseerd worden. Een hele vooruitgang. Maar het vergt het ook meer planning, want hoe laat je zo’n apparaat zo efficiënt mogelijk werken? “De kosten worden nu berekend per keer dat je de machine aanzet. Hoe meer patiënten er dus mee gaan, hoe goedkoper het wordt. Aan de andere kant kun je patiënten ook niet te lang op de uitslag laten wachten; daar zit een hele uitdaging in. Ik heb simulaties gemaakt waarbij ik gefocust heb op doorlooptijd en levergarantie. Natuurlijk heb ik ook kostenberekeningen meegenomen, maar omdat het apparaat nog niet in werking is voor diagnostische doeleinden zijn die nog vrij grof. Ik moet sowieso veel aannames doen, maar die zijn eenvoudig aan te passen als het apparaat eenmaal draait. Toch zijn er al bepaalde schema’s uitgerold die efficiënt lijken te zijn, bijvoorbeeld om de patiëntsamples in duplo te analyseren. Dat reduceert het opnieuw moeten analyseren bij foutieve metingen en werkt positief door voor de levergarantie: minder fouten en sneller een ‘volle bak’.”

Hoewel Stijn zich als enige techneut tussen de medici en biologen bevindt, voelt hij zich geenszins een vreemde eend. “Ik heb juist heel bewust gekozen om mijn afstudeeronderzoek in een niet-technische omgeving te doen, te laten zien dat je werkveld als ingenieur heel breed is. Analytisch denken komt overal van pas. Daarnaast is het interessant dat je anders tegen dingen aankijkt. Waar ik meer het geheel beschouw, vallen genetici soms over heel kleine details. We vullen elkaar zo mooi aan.”

Door zijn afstudeerproject weet Stijn dat hij graag in deze richting verder wil, het optimaliseren van fabrieksprocessen - “waarbij je ‘fabriek’ heel breed kunt trekken”. Het liefst gaat hij voor een paar jaar naar het buitenland; over een paar maanden hoopt hij zijn motorritjes naar Nijmegen te kunnen verruilen voor toertochten door het Amerikaanse landschap.

Meest gelezen

CLMN UR | Breaking: Dagwaarde verstofte clickers in de lift!

Solar Team Eindhoven onthult vijfzits ‘Stella Vie’

Meer studieplekken over hele campus

Collegegeld flink omhoog

Binnenkijken bij ’t Pleintje